پس از انتشار مخفيانه کتاب شاهراه اتحاد (بررسي نصوص امامت) و کمي پيش از پيروزي انقلاب يکی از آيات عظام قم به نام شيخ مرتضي حائري فرزند آيت الله شيخ عبدالکريم حائري مؤسس حوزه‌ی علميه‌ی قم بواسطه‌ی شخصي از آقاي قلمداران خواست که به منزل ايشان برود، فرداي آن روز که آقاي قلمداران به خانه آقاي حائري رفته بود ايشان به استاد گفته بود: آيا کتاب نصوص امامت را شما نوشته‌ايد؟ استاد پاسخ می‌دهد: بنده نمی‌گويم من ننوشته‌ام اما در کتاب که اسم بنده به چشم نمی‌خورد! آقاي حائري گفتند: ممکن است شما را به سبب تأليف اين کتاب به قتل برسانند! آقاي قلمداران فرمود: چه سعادتي بالاتر از اين که انسان به خاطر عقيده‌اش کشته شود سپس آقاي حائري گفتند: اگر می‌توانيد همه را جمع‌آوري نموده و در خاک دفن کنيد يا بسوزانيد! ايشان پاسخ داد: در اختيار بنده نيست، فرد ديگري چاپ کرده، شما همه را خريداري کنيد و بسوزانيد! از طرفي اين همه کتاب کمونيستي و تبليغ بهائی‌گري در اين کشور چاپ و منتشر می‌شود چرا شما در باره‌ی آنها اقدامي نمی‌كنيد؟!
1- پس از گذشت چند ماه از پيروزي انقلاب در تابستان 1358 خورشيدي شب بيستم رمضان سال 1399 هجري قمري که استاد قلمداران طبق عادت هر سال تابستان را در روستا می‌گذراند جوان مزدوري که از جانب کوردلان متعصب تحريک و مسلح شده بود نيمه شب وارد خانه‌ی استاد شد و او را در حالت خواب ترور کرده و گريخت، ليکن علي رغم فاصله بسيار کم گلوله فقط پوست گردن ايشان را زخمي کرد و در کف اتاق فرو رفت.
طبق اظهاراتي که از خود استاد نقل شده روز قبل از حادثه جواني از قم نزد او آمده بود و در مورد پاره‌اي عقايد و نظريات ايشان و نيز درباره‌ی کتاب سؤالاتي کرده بود! بدون شک نوشتن کتاب خمس و شاهراه اتحاد انگيزه‌ی قوي اين ترور بوده است.
در هر صورت مشيت و تقدير الهي مرگ استاد قلمداران را اقتضا نکرده بود! با اين وجود استاد رفت و آمدش به روستا و فعاليتش را ادامه می‌داد.
تفصيل جريان ترور از اين قرار بود که سه يا چهار نفر با يک اتومبيل شب بيستم رمضان وارد روستا شده اتومبيل را روي پل رودخانه روشن و آماده‌ی فرار نگه می‌دارند دو نفر از آنان آخر شب قبل از بسته شدن در خانه وارد باغچه‌ی منزل شده و لابلاي درختان کنار ديوار کمين می‌کنند، چندين بار فرزندان استاد در خانه را می‌بندند اما با کمال تعجب می‌بينند مجدداً باز شده ولي هرگز متوجه قضيه نمی‌شوند مسلما يکی از آن دو نفر مأمور بوده که در خانه را براي فرار باز نگه دارد، نيمه‌هاي شب که اطمينان می‌کنند همه بخواب رفته‌اند فرد ضارب با چراغ قوه و اسلحه‌ی کمري وارد اتاق خواب استاد می‌شود، همسر ايشان که از ترس و دلهره خوابش نمی‌برد و در رختخواب نشسته بود فکر می‌كند پسرش علي است، لذا با اسم او را صدا می‌زند فرد تروريست که وضع را اينگونه می‌بيند با عجله اسلحه را به طرف استاد نشانه می‌رود و شليک کرده و پا به فرار می‌گذارد، همسر استاد که زبانش از ترس بند آمده بود فقط فرياد می‌کشيد و بچه‌ها نيز که با صداي گوله از خواب پريده بودند وحشت زده فرياد می‌کشيدند حاجي آقا را کشتند مردم روستا سراسيمه بيرون آمده و استاد را که خون از گردنش جاري بود به کنار جاده می‌رسانند و به وسيله‌ی يکي از اهالي روستا که با اتومبيل از قم می‌آمد به بيمارستان کامکار می‌رسانند چند روز بعد جواني که ظاهرا طلبه بود به منزل استاد مراجعه کرد و سراغ وي را گرفت پسر آقاي قلمداران او را تعقيب می‌كند و می‌بيند که وارد يکي از حوزه‌هاي علميه در محله يخچال قاضي شهر قم گرديد.
2- حادثه تلخ ديگر در زندگي استاد وفات ناگهاني يکي از پسرانش در سال 1360 خورشيدي بود که منجر به تألم روحي عميق وي گرديد پس از اين حادثه سکته مغزي آن مرحوم او را از فعاليت‌هاي قلمي و تحرک جسمي محروم ساخت و ديگر نتوانست کار تأليف را ادامه دهد ليکن مطالعه را حتي الامکان رها نساخت.
3- ديگر واقعه‌ی تلخ زندگي استاد قلمداران زنداني کردن او در زندان ساحل قم بود، از خود استاد شنيده شده که می‌فرمود: «روزي که من در اثر دو سکته‌ی مغزي پي در پي روي تخت خوابيده بودم دو نفر از طرف دادگاه انقلاب قم به منزل ما آمدند و بنده را به جرم واهي ضديت با انقلاب اسلامي با مقداري از کتابهايم با خود بردند و حتي اجازه ندادند داروهاي خود را بردارم اين در شرايطی بود که بنده اصلا قادر به کنترل ادرارم نبودم و براي مواقع ضروري دستگاه مخصوص به همراه داشتم سپس مرا به زندان ساحل قم منتقل کردند و در حالي که فقط يک پتوي زير انداز در سلول داشتم به علت شکسته بودن شيشه‌ی سلول تا صبح از سرما به ديوار می‌چسبيدم و شام هم به من نرسيد زيرا ساير زندانيان چپاول کردند فقط يکي از زندانيان از سهم غذاي خودش مقداري به من داد صبح هم اوضاع به همين منوال بود لذا مجبوراً نيت روزه کردم.
البته فرزندانم جريان دستگيري و زنداني شدنم را به منزل آيت الله منتظري که آن زمان قائم مقام رهبري بود اطلاع دادند (قابل ذکر است که آيت الله منتظري با استاد قلمداران دوستي ديرينه داشتند و از زبان استاد شنيده شده که می‌فرمود: آقاي منتظري کتاب حکومت در اسلام مرا در نجف آباد اصفهان درس می‌دادند) يک وقت ديدم چند نفر پاسدار با دست پاچگی توأم با احترام و عذرخواهي صبح همان روز مرا از زندان بيرون آوردند و به خانواده‌ام اطلاع داده برايم لباس بياورند سپس با گرو گرفتن سند مالکيت منزل بنده را آزاد کردند.
حالا تصور کنيد که استاد قلمداران علاوه بر لطف و عنايت خداوند متعال اگر شخصيتي مانند آيت الله منتظري با ايشان رابطه‌ی دوستي نمی‌داشت و از ايشان حمايت نمی‌کرد چه بر سر ايشان می‌آمد، لازم به يادآوري است که اداره اطلاعات قم در سال 1374 نمايشگاهي در گلزار شهداي اين شهر برپا کرد به نام «مجاهدتهاي خاموش» که چند اثر استاد قلمداران را به عنوان افکار و عقايد انحرافي به نمايش گذاشته بودند، کما اينکه در کنار آن اسناد و مدارکی عليه آيت الله منتظري نيز به چشم می‌خورد.